以园区的场地特征、自然条件、功能和空间优化整合以及资源合理利用等为出发点，合理划分四大功能区，即生产加工区、边贸物流仓储区、综合服务区和发展备用区。

（一）生产加工区。生产加工区位于园区的核心地区，是园区的主导功能，基础设施相对完备。主要承接天然气化工、精细化工、能源及生物化工、海洋工程装备制造基地和无机化工五大板块。生产加工区主要布局于一类工业用地和二类工业用地，规划用地面积14.7平方公里。

（二）边贸、物流仓储区。边贸、物流仓储区分别结合港口和铁路站场规划设置，主要承接边境小额贸易集散区、对越互市贸易区、仓储与物流中心区、加工贸易区、商品交易区和电子商务区六大板块。边贸、物流仓储区主要布局于物流仓储用地，规划用地面积9.76平方公里。

（三）综合服务区。综合服务区是为产业开发活动提供相关产业配套服务的区域，是支撑园区产业功能开发的重要依托。主要集产品展销、商务会议、教育培训、餐饮、住宿、商业设施等功能。综合服务区主要布局于公共管理与公共服务用地，规划用地面积1.86平方公里。

（四）发展备用区。发展备用区是规划期内需要深化功能研究，开展前期论证的区域。发展备用区主要布局于发展备用地，规划用地面积11.6平方公里。